林丹汗心眼差点。继承了大汗封号之后，真以为大汗的权力是理所当然的，对其他部落发号施令，颐指气使。后来与努儿哈赤及洪太极的斗争失利。周边部落居然明目张胆地欺负他，截夺其封贡互市的商队。大汗做到这个份上也够失败的。
天启七年，林丹汗西迁，先攻击与其相信的哈喇真部，后攻击归化城的土默特部，最后夺取归化城。抢到了顺义王金印之后，还要求对明朝要求封贡的利益。
这是“蒙古大汗”的做派！朱有见表示大跌眼镜！
由于崇祯元年朱有见才把视线放到对外上，基本对这些情况一无所知。在归化城情报站设立及发挥作用的同时，找来所有与蒙古相关的奏章及内阁的批复。朱有见唯一的感觉就是——一团乱麻！后世有一句话说，不怕神一样的对手，就怕猪一样的队友。在对付后金的过程中，大明与林丹汗互为“猪一样的队友”，这是朱有见最后的结论。
很明显，大明、林丹汗、后金，之前这是三足鼎立之势。现在林丹汗往西一跑，对大明而言，这成了一局烂棋！朱有见恨的牙痒痒地：这什么破烂时局啊！就这破烂时局，还搞个屁的“改革开放”！
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经过成立枢密院这一大运作，之前天启实学院一直在努力培养的人才一下子出去了大半。朱有见深刻地感觉到了人才的匮乏。朱有见想着必须要扩大实学院的招生了，于是按照朱有见既定的想法，要求各卫所军继续选拔优秀兵士和子弟入学。当然，经过必要的文化考核是免不了的。
卫所制是明太祖称帝前在南京创建的，是明朝军队中最为重要的部分。鼎盛时期，洪武二十三年，全国共有内外卫五百四十七个，所两千五百六十三个。明代自京师以至郡县，皆设立卫所，卫所分属于各省的都指挥使司，各省的都指挥使司又由中央的五军都督府分片管辖。都指挥使司下辖若干卫，卫下辖若干千户所与百户所。
卫所制是模仿北魏隋唐的府兵制，又吸收元朝军制的某些内容形成的，属于自给自足的军屯类型。在卫所里，每个军士受田十五亩以维持生活。卫所军士皆由身份永远不变的世袭军户充任。卫所军官也是世袭其职。朱有见认为，这个制度，从其开始设计，就有一个巨大的特点，就是僵化。就是妄想保持所有的事情一成不变，妄想反对市场规律，妄想能自己解决的就不花钱。总之，就是严重的封建化。
明太祖初年，以大部分屯田，小部分驻防，屯田所供给军饷的办法还能行得通。但不久，屯田多被军官侵占甚至倒卖，军士多破产逃亡。卫所采取的亦军亦民的方式，不但不能有效提升战斗力，反而容易造成战斗力低下。
朱有见的设想还是这样，先采取各种办法吸收军户中的优秀子弟，编练新军，待必要的时机，彻底废除卫所制。从卫所中吸收军事学员就是很好的办法。
另外，由于设置归化城情报站，朱有见也深刻地感觉到了高级官员中蒙古语人才的不足。未雨绸缪之下必须设立蒙古语、女真语、藏语等科目。由于律法科在一边翻译一边学习西方律法及科技书籍，徐光启早已奏请开设西语科。
来自于后世的朱有见，一看见“西语”二字，还以为是西班牙语的简称呢。仔细一看，哦，是“泰西语言”之简称。而且一开还是四种语言混学：西班牙语、葡萄牙语、荷兰语与拉丁语。徐光启的教学方案是，分选学员各自修习西班牙语、葡萄牙语与荷兰语三种语言中的一种，然后等入门之后，再共同学习拉丁文。
关于西方语言教员，其实并不匮乏。澳门有着来自欧洲各地等着入境的西欧人。万历年间来华的第一代传教士范安礼、罗明坚、利马窦，这时均已尘归尘土归土了。第二代传教士有汤若望、龙华民与罗雅谷等，这些人均与李光启交好，已经被聘为天启实学院的教授了。
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