这时，东边的皇太极觉得林丹汗早晚是个祸害，他召集蒙古各部会盟于西拉木伦河畔；蒙古科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁（哈喇慎）、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的首领都汇集在他的麾下，集兵10万一起西征林丹汗。
林丹汗得到消息后，无奈南逃；皇太极分兵三路穷追41天，五月下旬进驻归化城，在得知林丹汗已渡黄河而去后，才停住了脚步。
仓皇西逃的过程中，察哈尔部众大量逃散，皇太极收拢的遗部便有数万人之多。
林丹汗带着部众进入河西走廊，准备翻越祁连山进入青海，与盘踞在青海的却图汗汇合，向西南拓展。但在行至青海大草滩时，林丹汗因罹患天花去世。
他的去世，导致蒙古察哈尔部落战略方向发生逆转。
林丹汗的儿子不愿在相对艰苦的青海地区开拓，转而率部掉头回到了河套地区。
皇太极得知察哈尔部回归河套，马上派多尔衮再次发动西征。
在后金强大的军事压力下，林丹汗的儿子额哲奉传国玉玺出降；至此，由一代天骄成吉思汗创立的蒙古帝国正式灭亡，历时421年。
而林丹汗，也被公认的蒙古帝国最后一任大汗。
匈奴人伴随着秦汉至今，存活时间还胜于后来的蒙古，实在是草原的第一代霸主，如今刘豹既死，刘渊俯首，也就得到了解决北夷问题的最好机会。
这也是如今杨伊在长安非要先解决匈奴这个祸患的原因，不如此，在征伐中原之时，让匈奴人坐大，再想剿抚，那非得花上十倍之力。
以史为鉴，若是明之察之，自然可以从中有所领悟，所以杨伊才放弃进取中原的大好机会，先解决北夷，而解决北夷的举措，也是要从历史中学习的。
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